Στο σκεπτικό της απόρριψης του αιτήματος αναφέρεται μεταξύ άλλων ότι οι σύμβουλοι Επικρατείας «σταθμίζοντας τους λόγους δημοσίου συμφέροντος, τους οποίους επικαλείται η διοίκηση, οι οποίοι μάλιστα επιβάλλουν και κατά τα δεδομένα κοινής πείρας την ταχεία ολοκλήρωση του έργου, κρίνει ότι δεν συντρέχει εν προκειμένω λόγος για τη χορήγηση της αιτούμενης αναστολής εκτελέσεως των προσβαλλόμενων πράξεων λόγω ανεπανόρθωτης ή δυσχερώς βλάβης των κατοίκων».
Όσον αφορά την κοπή των δέντρων, το Συμβούλιο της Επικρατείας ισχυρίζεται ότι «από τα στοιχεία προκύπτει ότι αντιμετωπίστηκαν οι περιβαλλοντικές επιπτώσεις, αφού περιγράφεται πλήρως η βλάστηση επί της πλατείας Εξαρχείων και καταγράφεται η προστασία είτε με μεταφύτευση προσωρινά, κατά το μεγαλύτερο μέρος και η επαναφύτευση των δέντρων μετά την ολοκλήρωση των εργασιών, όπου αυτό είναι επιστημονικά εφικτό, είτε στην αντίθετη περίπτωση, με την αναπλήρωση των δέντρων και φυτών με βλάστηση του αυτού είδους».
Οι σύμβουλοι Επικρατείας προσθέτουν επίσης ότι «προβλέπεται η ενίσχυση του αστικού πρασίνου πλησίον της πλατείας Εξαρχείων σε διάφορα σημεία τα οποία θα υποδειχθούν από την αρμόδια υπηρεσία του δήμου Αθηναίων, ενώ λήφθηκε ιδιαίτερη μέριμνα για την προστασία των στοιχείων του πολιτιστικού περιβάλλοντος, τόσο κατά τη χάραξη όσο και κατά την κατασκευή και λειτουργία του σταθμού και όλες οι εργασίες προβλέπεται να γίνουν βάσει σχετικών μελετών, οι οποίες έχουν εκπονηθεί».
Στην απόφαση του ΣτΕ προστίθεται ότι όλες οι επιπτώσεις που επικαλούνται οι 50 κάτοικοι «στο αστικό περιβάλλον και οικιστικό περιβάλλον της περιοχής των Εξαρχείων οι οποίες προκαλούνται ή ενδέχεται να προκληθούν από τις πρόδρομες εργασίες και την κατασκευή του επίμαχου ουσιώδους έργου υποδομής, έχουν προβλεφθεί με τη μελέτη περιβαλλοντικών επιπτώσεων του έργου, έχουν αξιολογηθεί και έχουν αντιμετωπιστεί με συγκεκριμένα μέτρα».
Και καταλήγει το σκεπτικό του ΣτΕ: «Υπό τα δεδομένα αυτά, όμως, οι δυσμενείς επιπτώσεις που απορρέουν από την εκτέλεση των εργασιών για την κατασκευή του επίμαχου σταθμού (τοποθέτηση εργοταξίου, αρχαιολογικές έρευνες, αφαίρεση και μεταφύτευση δέντρων και λοιπής βλάστησης και άλλα) έχουν περιγραφεί στις σχετικές μελέτες και έχουν εκτιμηθεί προσηκόντως και επιπλέον περιορίζονται σε αυτό το στάδιο της εκτέλεσης του έργου.
Είναι δηλαδή προσωρινές, εν πάση δε περιπτώσει, οι εν λόγω επιπτώσεις αμβλύνονται σημαντικά με τις ειδικές ρήτρες, οι οποίες περιλαμβάνουν:
1) τη μέριμνα αναδόχου να περιορίσει κατά το δυνατόν χρονικά την κατάληψη της πλατείας Εξαρχείων,
2) την υποχρέωση και για την προσωρινή μεταφύτευση των υφιστάμενων επί της πλατείας δέντρων και θάμνων που δύνανται επιτυχώς να μεταφυτευτούν και
3) τη φύτευση κατά τη φάση κατασκευής του έργου 2.000 νέων δέντρων εντός της περιφέρειας του δήμου Αθηναίων και πλησίον της πλατείας ή στην ευρύτερη περιοχή και τη διατήρηση του περιβαλλοντικού ισοζυγίου».
